El descubrimiento de fósiles del hombre de Java (Pithecantropus erectus) proporcionó pruebas de que la tierra conocida actualmente como Indonesia se encontraba habitada desde hace más de un millón de años.

Desde el año 300 a.n.e, las tribus mongoloides del continente asiático se establecieron en el archipiélago y se interrelacionaron con la cultura original, seguida de la ola de tribus Indu-arios del continente sudasiático.

En los siglos XIII y XIV, la influencia de las religiones Budistas e Hindúes provenientes de la India, trajeron consigo un período de poderosos reinados y grandes manifestaciones artísticas. Borobudur, el mayor monumento del mundo, fue construido en el siglo IX, en Java Central.

En el año 1292, Marco Polo navegó por los estrechos de Malacca, deteniéndose en Sumatra y haciendo referencias periodísticas sobre Java y las islas de las especias.

La cultura Islámica se introdujo en Sumatra en el año 1400, fue difundido más adelante a Java y a lo largo de las islas, con excepción de Bali y las islas más remotas.

En 1492, Cristóbal Colón, en su viaje por el oeste en búsqueda de una ruta alterna hacia la isla de las especias, o las Indias Orientales, en lugar de estas descubrió las Américas.

En el siglo XVI, las potencias marítimas de Europa lucharon por el control del valioso comercio de las especias, esto culminó con el dominio por parte de los holandeses del área de la compañía holandesa de la India Oriental y las Indias Orientales Neerlandesas, durante 350 años.

En 1942, las islas fueron ocupadas por los japoneses durante la Segunda Guerra Mundial.

El 17 de Agosto de 1945, nace una nueva nación: la República de Indonesia. En ese día Indonesia proclamó su independencia, bajo el mando de los líderes de su movimiento nacional, Soekamo y Hatta. Soekamo pasó a ser entonces el Presidente de Indonesia, seguido de Soeharto (1965), B.J.Habibie(1998), Abdurrahman Wahid (1999), Megawati Soekarnoputri (2001) y Susilo Bambang Yudhoyono (2004).