Las relaciones bilaterales y de cooperación entre Indonesia y Cuba se establecieron el 22 de enero de 1960, a lo que siguió la visita del Presidente Achmad Soekarno, el Primer Presidente de la República de Indonesia, del 9 al 13 de mayo de 1960.

Esta fue la primera visita de un Jefe de Estado y de Gobierno extranjero a Cuba después del reciente triunfo de la Revolución Cubana conducido por Fidel Castro. Por parte de Cuba, el Comandante Che Guevara visitó Indonesia en 1959.

La inauguración de la Embajada de la República de Indonesia se produjo el 14 de agosto del 1963.

El presidente Susilo Bambang Yudhoyono visitó Cuba del 14 al 17 de septiembre de 2006 durante la Cumbre del Movimiento de Países No Alineados.

En esta ocasión sostuvo conversaciones bilaterales con el Presidente en Funciones y primer Vice-Presidente de los Consejos de Estado y de Ministros, General de Ejército Raúl Castro, en un encuentro al que también asistió el presidente del INDER, Christian Jiménez y donde el Presidente Yudhoyono manifestó su propósito de desarrollar el sector del deporte en Indonesia con la colaboración del INDER.

Durante la visita del Presidente a Cuba y con su participación, se celebró la ceremonia de condecoración a los integrantes de la brigada médica “Henry Reeves” que brindaron sus servicios a la población de Java Central posterior al terremoto que asoló la región.

El Presidente impuso la medalla “Satya Lencana Bhakti Sosial” a cinco de los integrantes de la brigada en representación de los otros 130 colaboradores.